Program yapısı anlamında bir sorun yok. Her ikisini de yapabilirsiniz. Eğer temeller dahil tümden ayırmayı düşünüyorsanız ayrı ayrı modelleyip ayrı proje olarak çözmeniz daha kolay. Eğer temelleri bütün yapacaksanız belki veri girişi de birlikte düşünülebilir. (isterseniz yine yapıyı ayrı çözüp temel tesirlerini al komutu ile diğer binaya ait yükleri verebilirsiniz)
Dilatasyonlu bölgelerden ayırıp tek dosyada çözdüğünüzde doğal olarak birden fazla rijit diyafram oluşacaktır. Burada isimlendirme ile ilgili zorluklar çıkıyor. Zorluk dediğim şöyle; program her farklı rijit diyafram için ayrı isim veriyor. Bu durumda özellikle 2., 3. bodrumlarda veya daha üst katlarda isimlendirme uzuyor ve anlaşılması (özellikle ustalar açısından) sıkıntı oluyor. Bir örnek vermek gerekirse. 3 bölüm var ve her bir rijit diyafram bölümlerinin adı A, B, C olsun. Örneğin Bblok 2. bodrum elemanlarında isimlendirme şöyle olacaktır:
Kirişler: KB2B117, KB2B118...
Kolonlar: SB2B117, SB2B118...
Döşemeler: DB2B117, DB2B118...
İsimlendirme, pafta dizaynı vs gibi sebeplerden ayrı olarak modellenmesini öneriyorum.